Der Bereich Stile hat vier Tabs, und ihre Reihenfolge ist keine Geschmacksfrage: Sie ist genau die Reihenfolge, in der die vier Ebenen einander überschreiben.
Basis → Community-Theme → Variablen → eigenes CSS
gewinnt
Diese Zeile steht auch in QuartzControl, über den Tabs, und sagt dazu, welches Theme gerade aktiv ist.

Die vier Tabs stehen in der Reihenfolge, in der sie einander überschreiben; die Zeile darunter sagt, was gerade gilt.
Was jede Ebene tut
Basis — die neun Grundfarben und die drei Schriftrollen, je für hell und dunkel. Das ist die Ebene, mit der Quartz allein arbeitet. Alles Weitere ist optional.
Community-Theme — ein fertiges Farbschema von außen. Solange eines aktiv ist, überschreibt es die Basisfarben; die Basis-Werte bleiben aber gespeichert und gelten wieder, sobald das Theme aus ist. Deshalb sind sie im Basis-Tab abgeblendet statt gesperrt, mit der Zahl daneben: „Das Theme überschreibt 7 von 9 Farben und 2 von 3 Schriften.“
Variablen — einzelne Werte gezielt überschreiben, auch solche, die weder Basis noch Theme anbieten. Das ist der Weg, wenn ein Theme fast passt.
Eigenes CSS — alles, was sich mit den drei Ebenen darüber nicht sagen lässt. Gewinnt gegen alles andere.
Die Faustregel
Von oben nach unten arbeiten. Was sich im Basis-Tab einstellen lässt, gehört dorthin; erst was dort fehlt, wird eine Variable; erst was auch als Variable nicht geht, wird eigenes CSS.
Der Grund ist nicht Ordnungsliebe: Jede Ebene weiter unten ist eine Stelle mehr, an der ein späteres Theme oder ein Update nicht mehr durchkommt. Eine Farbe, die im Basis-Tab steht, folgt dem Farbschema; dieselbe Farbe im eigenen CSS bleibt stehen, auch wenn sie nicht mehr passt.
Die Ausnahme, die man kennen muss
Ein Theme kann Farben setzen, die nur für eine Art von Element gelten — die Farbe eines Callouts etwa. Solche Werte lassen sich im Variablen-Tab nicht global überschreiben; dafür braucht es eigenes CSS. QuartzControl sagt es an der Stelle, an der es auffällt.
Bekannte Konflikte
Unter den Tabs steht eine Karte Bekannte Konflikte. Sie führt Fälle auf, in denen zwei Plugins sich in die Quere kommen und keine Einstellung das löst — nur CSS.
Wer Fix anlegen drückt, bekommt eine ganz normale Datei unter Eigenes CSS: bearbeitbar, verschiebbar, löschbar wie jede andere. QuartzControl versteckt nichts; es schreibt nur auf, was man sonst selbst herausfinden müsste.